| Finanční matematika | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Fyzika | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Obory Fyzika se zaměřením na vzdělávání se sdruženým studiem | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Fyzika se zaměřením na vzdělávání se sdruženým studiem Informatika se zaměřením na vzdělávání | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Fyzika se zaměřením na vzdělávání se sdruženým studiem Matematika se zaměřením na vzdělávání | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Informatika | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Matematické modelování | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Matematika pro informační technologie | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Obory Matematika se zaměřením na vzdělávání se sdruženým studiem | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Matematika se zaměřením na vzdělávání se sdruženým studiem Anglický jazyk a literatura se zaměřením na vzdělávání | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Matematika se zaměřením na vzdělávání se sdruženým studiem Český jazyk a literatura se zaměřením na vzdělávání | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Matematika se zaměřením na vzdělávání se sdruženým studiem Deskriptivní geometrie se zaměřením na vzdělávání | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Matematika se zaměřením na vzdělávání se sdruženým studiem Francouzský jazyk a literatura se zaměřením na vzdělávání | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Matematika se zaměřením na vzdělávání se sdruženým studiem Informatika se zaměřením na vzdělávání | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Matematika se zaměřením na vzdělávání se sdruženým studiem Německý jazyk a literatura se zaměřením na vzdělávání | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Obecná matematika | bakalářský | prezenční | 3 roky | |
| Astronomie a astrofyzika | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Biofyzika a chemická fyzika | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Částicová a jaderná fyzika | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Finanční a pojistná matematika | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Fyzika atmosféry, meteorologie a klimatologie | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Fyzika kondenzovaných soustav a materiálu | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Fyzika povrchů a plazmatu | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Geofyzika a fyzika planet | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Specializace Informatika | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Diskrétní modely a algoritmy | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Jazykové technologie a počítačová lingvistika | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Softwarové a datové inženýrství | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Softwarové systémy | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Teoretická informatika | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Umělá inteligence | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Vizuální výpočty a vývoj počítačových her | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Matematická analýza | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Matematické a počítačové modelování ve fyzice | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Matematické modelování ve fyzice a technice | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Matematické struktury | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Matematika pro informační technologie | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Numerická a výpočtová matematika | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Optika a optoelektronika | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Pravděpodobnost, matematická statistika a ekonometrie | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Teoretická fyzika | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Učitelství fyziky pro SŠ se sdruženým studiem Učitelství matematiky pro SŠ | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Obory Učitelství matematiky pro SŠ se sdruženým studiem | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Učitelství matematiky pro SŠ se sdruženým studiem Učitelství anglického jazyka a literatury pro SŠ | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Učitelství matematiky pro SŠ se sdruženým studiem Učitelství českého jazyka a literatury pro SŠ | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Učitelství matematiky pro SŠ se sdruženým studiem Učitelství francouzského jazyka a literatury pro SŠ | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Učitelství matematiky pro SŠ se sdruženým studiem Učitelství deskriptivní geometrie pro SŠ | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Učitelství matematiky pro SŠ se sdruženým studiem Učitelství informatiky pro SŠ | navazující magisterský | prezenční | 2 roky | |
| Algebra, teorie čísel a matematická logika | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Biofyzika, chemická a makromolekulární fyzika | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Bioinformatika a výpočetní biologie | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Částicová a jaderná fyzika | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Didaktika fyziky a obecné otázky fyziky | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Fyzika atmosféry, meteorologie a klimatologie | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Fyzika kondenzovaných látek a materiálový výzkum | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Fyzika nanostruktur a nanomateriálů | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Fyzika plazmatu a ionizovaných prostředí | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Fyzika povrchů a rozhraní | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Fyzika Země a planet | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Geometrie, topologie, a globální analýza | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Informatika – Softwarové systémy | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Informatika – teorie, diskrétní modely a optimalizace | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Informatika – Vizuální výpočty a počítačové hry | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Kvantová optika a optoelektronika | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Matematická analýza | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Matematická lingvistika | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Matematické a počítačové modelování | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Numerická a výpočtová matematika | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Obecné otázky matematiky a informatiky | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Pravděpodobnost a statistika, ekonometrie a finanční matematika | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Teoretická fyzika, astronomie a astrofyzika | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |
| Teoretická informatika a umělá inteligence | doktorský | prezenční, kombinovaná | 4 roky | |